Azərbaycan Atletika Federasiyası (AAF) 1923-cü ildə yaradılmış və 1992-ci ildən yenidən təsis edilmişdir. AAF 1992-ci ildən etibarən Beynəlxalq Atletika Federasiyaları Assosiyasiyası (İAAF) və Asiya Atletika Federasiyaları Assosiyasiyasının seçilmişdir. 1999-cu ildə İspaniyanın Sevilya şəhərində keçirilən Beynəlxalq Atletika Federasiyaları Assosiyasiyasının (İAAF) konqresində Azərbaycan Atletika Federasiyasının müraciətinə əsasən, Avropa Atletika Federasiyaları Assosiyasiyasının (EAA) üzvlüyünə keçirilmişdir.2019-cu ildə AAF Balkan Atletika Federasiyalarının Assosiyasiyasına üzv olmuşdur.

1993-cü ildən etibarən AAF atletika idmanının idarə olunmasında müstəqil orqan kimi fəaliyyətə başlamışdır. AAF-ın birinci prezidenti Səməd Salehov seçilmişdir. 1994-cü ildən Elxan Ağayev AAF-a rəhbərlik etmişdir. 1996-cı ildən 2023-cü ilə qədər Çingiz Hüseynzadə AAF prezidenti kimi fəaliyyət göstərmişdir. 01 Aprel 2023-cü ildə Cavid Qurbanov  AAF-ın yeni Prezidenti seçilmişdir.